Акрамя абвінавачаньня ў апраўданьні агрэсіі РФ, Янафана прызналі вінаватым яшчэ паводле трох артыкулаў Крымінальнага кодэксу Ўкраіны: «замах на тэрытарыяльную цэласнасьць Украіны», «парушэньне раўнапраўя грамадзянаў у залежнасьці ад іх расавай, нацыянальнай, рэгіянальнай прыналежнасьці, рэлігійных перакананьняў», «дзеяньні, накіраваныя на гвалтоўную зьмену ўлады».
Паводле вэрсіі сьледзтва, у студзені 2022 года асуджаны, «кіруючыся прарасейскімі ідэалягічнымі матывамі», разьмясьціў на вэб-сайце япархіі аўтарскі артыкул аб паноўнай ролі Маскоўскага патрыярхату ў праваслаўным хрысьціянстве і адмаўленьні самастойнасьці Праваслаўнай царквы Ўкраіны (ПЦУ).
Таксама Янафан, паводле зьвестак СБУ, распаўсюджваў сярод вернікаў прапагандысцкія ўлёткі, у якіх «заклікаў да захопу ўлады і зьмены межаў Украіны» і на адным з сайтаў РПЦ разьмяшчаў публікацыі «у падтрымку расейскіх акупантаў і іх ваенных злачынстваў».
У сваю чаргу патрыярх РПЦ Кірыл назваў прысуд Янафану «актам парушэньня рэлігійнай свабоды» і «прыкладам перасьледу за веру». «Усе гэтыя абвінавачаньні абсалютна нікчэмныя, а так званыя доказы сфальсыфікаваныя. Праасьвяшчэнны Янафан, як і ўся Царква, моліцца за мір, заклікае да духоўнага адзінства Сьвятой Русі, а таксама адстойвае правы Ўкраінскай праваслаўнай царквы, выкрываючы кананічную няпраўду расколу. Менавіта за гэта яго асудзілі», — лічыць патрыярх Кірыл.
У маі 2023 года суд ва ўкраінскім горадзе Крапіўніцкім асудзіў клірыка УПЦ (МП), экс-кіраўніка мясцовай япархіі мітрапаліта Яасафа (Мікалая Губеню) на тры гады пазбаўленьня волі паводле абвінавачаньня ў распаўсюджваньні прарасейскай прапаганды і распальваньні міжрэлігійнай варожасьці.
Украінская праваслаўная царква (Маскоўскага патрыярхату) — адна з найбуйнейшых праваслаўных рэлігійных арганізацый Украіны. Пасьля пачатку вайны УПЦ заявіла аб «незалежнасьці» ад Маскоўскага патрыярхату, аднак гэтая незалежнасьць не аформленая юрыдычна. Улады Ўкраіны лічаць, што шэраг сьвятароў і ярархаў УПЦ дэ-факта займаюць прарасейскую пазыцыю.
Офіс Высокага камісара ААН у правах чалавека ў сваім нядаўнім дакладзе адзначыў, што дзеяньні ўкраінскіх уладаў стасоўна УПЦ могуць мець дыскрымінацыйны характар. МЗС Украіны ў адказ заклікала ААН устрымацца ад незбалянсаваных палітычных ацэнак.
