در حالی‌که روند اخراج مهاجرین افغان از پاکستان ادامه دارد، برخی از مهاجرین افغان که هنوز در پاکستان به سر می‌برند و اسناد قانونی برای اقامت در این کشور را دارند، ادعا می‌کنند که توسط پولیس آزار و اذیت می‌شوند.
صنم کبیری، ساکن اسلام‌آباد به رادیو آزادی مدعی شد که پولیس پاکستان به زور وارد خانه‌ها شده و مهاجرین دارنده اسناد قانونی را نیز بازداشت می‌کنند: "تصمیم دولت پاکستان جدی است. پولیس‌ها به خانه‌ها می‌روند و افرادی‌که اسناد قانونی دارند و یا هم ندارند را با خود می‌برند. امروز هم در منطقه‌ای که من زندگی می‌کنم، همه مناطق شکل نظامی را به خود گرفته است، پولیس بسیاری از هموطنان ما را دستگیر کرده و با خود برده است. منطقه کاملاً بند است و افغانها این‌جا سرگردان هستند."
به همین ترتیب، شاکره اسلمی یکی دیگر از مهاجرین افغان مقیم پاکستان نیز ادعای مشابهی دارد و می‌گوید که از ابتدای ماه اکتوبر در کنار مهاجرین غیرقانونی افغان، دستگیری مهاجرین دارای اسناد قانونی نیز افزایش یافته است.
او که خود اسناد قانونی اقامت در پاکستان را دارد و توسط پولیس بازداشت شده است به رادیو آزادی می‌گوید: "از اوایل ماه اکتوبر پولیس خانه به خانه می‌رود و افغانها را مورد آزار و اذیت قرار میدهد. دو بار به خانه ما آمدند و یک بار به حوزه رفتم بار دیگر شوهرم رفت. این وضعیت همه افغانها است."
از سوی دیگر، یک پناهجوی افغان به نام احمد نیز مدعی است که بسیاری از مهاجرین افغان که پاسپورت، ویزه و سایر اسناد قانونی برای زندگی در آن‌جا دارند، دستگیر می‌شوند.
او به رادیو آزادی گفت: "برای آن‌ها مهم نیست که پاسپورت داشته باشید، ویزه داشته باشید یا نه. برای آن‌ها مشکلی نیست. آن‌ها فقط به افغانها آزار می‌رسانند. من ۱۲ صد دالر ویزه گرفتم، اما سه بار دستگیر شدم. این‌جا برای پناهندگی آمدیم، اما اوضاع بدتر شد."
وی همچنین ویدیویی را با رادیو آزادی به اشتراک گذاشت که در آن دهها نفر با اسناد کمیشنری عالی سازمان ملل متحد در امور پناهندگان و پاسپورت دیده می‌شوند و مدعی اند که پولیس آن‌ها را دستگیر کرده است، اما رادیو آزادی صحت این ویدیو و زمان ضبط آن را تأیید کرده نمی‌تواند.
از سوی دیگر، منیزه کاکر وکیل مدافع مهاجرین افغان در پاکستان نیز در صفحه اکسش نوشته که آن‌ها درخواست‌های این مهاجرین را همراه با اسناد‌شان به محکمه سپرده اند تا از دستگیری أفغان‌هایی که کارت‌های «پی‌او‌آر» و «سی‌ان‌آی‌سی» به همراه دارند، جلوگیری شود.
او همچنین نوشته است که از کمیشنری عالی سازمان ملل متحد در امور پناهندگان سازمان ملل خواسته است تا در این مورد مداخله کند تا مهاجرین افغانی‌که اسناد قانونی دارند از پاکستان اخراج نشوند.
مهلتی‌که حکومت پاکستان به مهاجرین افغان مقیم پاکستان داده بود به تاریخ نخست ماه روان میلادی به پایان رسید و پولیس پاکستان دستگیری و اخراج آن‌ها را آغاز کرده است.
انوارالحق کاکر صدراعظم حکومت موقت پاکستان روز چهارشنبه در یک کنفرانس مطبوعاتی گفت که بیش ۲۵۰ هزار افغان پس از اعلام ضرب‌الاجل یک ماهه برای اخراج مهاجرین غیرقانونی در این کشور به کشور‌شان بازگشته اند.
حکومت طالبان در تورخم و سپین بولدک کمپ‌های موقت برای مهاجرین افغان عودت کننده ساخته است. به‌گفته مسئولان وزارت امور مهاجرین و عودت کنندگان حکومت طالبان، مهاجران بازگشته پس از اقامت موقت در این کمپ‌ها به مناطق‌شان فرستاده خواهند شد.
