هر چند ملا هبت‌الله آخندزاده، رهبر طالبان در دیدار با برخی علمای دینی گفته که اگر فرمان‌های او خلاف شریعت اند، باید آنها را نادیده بگیرند، برخی از علمای دینی می‌گویند که بسیاری از فرمان‌های رهبر طالبان با اسلام و شریعت در تضاد است.
تلويزيون ملی تحت كنترل حکومت طالبان در گزارشی نوشته كه ملا هبت‌الله آخندزاده روز شنبه در يك سیمينار سه روزه که زیر عنوان "سازماندهی و هماهنگی جماعت‌های دينی در امور تخصصی" در کندهار برگزار شده بود، اين اظهارات را بيان كرده است.
در این گزارش آمده است، رهبر طالبان از علمای دینی خواسته تا فرامین حکومت‌شان را برای مردم روشن کرده و آنان را به اجرا و پذیرش این فرمان‌ها تشویق کنند.
فضل هادی وزین، عالم دین و حقوقدان به رادیو آزادی گفت، در حالی که برخی از فرمان‌های رهبر طالبان با شریعت در تضاد است، حکومت آنها هیچ اداره‌ای برای بررسی این فرمان‌ها ندارد:
"ادارۀ حکومت از طریق فرمان، عمل درست یا نشانۀ حکومتداری خوب نیست. حاکمیت فرمان باید پایان یابد و حاکمیت قانون برقرار شود. به طور مثال منع دختران از تحصیل و پوهنتون، مانع شدن از کار با صادر کردن فرمان در تضاد با اسلام است. یعنی در اسلام و قرآن، سنت و فقه چنین دلیلی وجود ندارد که مانع تحصیل دختران شود."
اما در کنار علمای دینی، شماری از مدافعان حقوق بشر، فرمان‌های صادر شده از سوی رهبر طالبان برای اعمال محدودیت بر تحصیل، کار و سایر فعالیت‌های اجتماعی دختران را در تضاد با شریعت می‌دانند.
طالبان بیشتر از ۵۰ فرمان در مورد شیوه های زنده گی اجتماعی و تحصیلی زنان صادر کرده اند
نسرین حمیدی، مدافع حقوق بشر به رادیو آزادی گفت، در کنار فرمان‌های محدود کننده، تمام فرامین رهبر طالبان مبهم است:
"به این شکل طالبان به چشم ملت خاک می‌زنند. آنها امیدهای یک نسل را نابود می‌کنند. آنها با دادن چنین وعده‌های دروغین صداقت و شایستگی خود را زیر سوال می‌برند."
رهبر طالبان نیز در سخنان خود تأکید کرده که پس از سقوط نظام جمهوری، فرمان عفو عمومی او عملی و اجرا شده و اکنون مخالفان‌شان زندگی راحت دارند.
وی افزوده که آنها در گذشته و اکنون قصد کشتار و آزار و اذیت افغان‌ها را نداشته اند، در حالی که گزارش های شورای حقوق بشر سازمان ملل متحد و هیئت معاونت ملل متحد در افغانستان (یوناما) نشان می‌دهد که حکومت طالبان صدها مقام و سرباز حکومت قبلی را بازداشت و شکنجه کرده، مورد آزار و اذیت قرار داده و حتی به قتل رسانده است.
رادیو آزادی نیز گزارش‌های مستندی در این مورد منتشر کرده است که نشان می‌دهد، افراد حکومت طالبان سربازان و افسران نیروهای امنیتی و دفاعی نظام جمهوری پیشین را در ولایات مختلف به بهانه‌های مختلف دستگیر و پس از شکنجه کشته اند.
