Он издавал собственную газету "Сиёсат" ("Политика") на узбекском языке (она распространялась и в Кыргызстане, и в Узбекистане), сотрудничал с Голосом Америки, Радио Свобода, BBC, информагентством Фергана и другими изданиями.

Саипова застрелили на проспекте Масалиева (в то время улица называлась Кыргызстан), в двухстах метрах от места, где он жил и работал. В доме №60 располагалась редакция газеты "Сиёсат", а рядом на первом этаже журналист снимал квартиру.

Как вспоминает младший брат журналиста Шахрух Саипов, нападение произошло вечером, между 7 и 7.30. Обычно на проспекте Масалиева бывает многолюдно, но в день убийства на месте никого не оказалось.

Первым выстрелом нападавшие прострелили Саипову правую ногу. Когда журналист упал, в него выстрелили еще два раза – в голову, обе пули прошли навылет. Саипов скончался на месте.

"Когда его застрелили, мы все были дома. Ничего не знали. Оказывается, все показали по телевизору, – вспоминает Зайнабхан Саипова, мать Алишера. – Стал звонить телефон. Я снимала трубку, у меня спрашивали: что случилось с Алишером? "А что с ним произошло?" – спрашивала я в ответ. А на другом конце молча вешали трубку. Звонили из Америки, Бишкека и других мест. Мы ничего не знали. Потом нам сообщили. Когда мы приехали туда, сын уже умер".

В 2009 году по подозрению в убийстве Саипова был задержан житель Лейлекского района Баткенской области Абдуфарид Расулов: позже его осудили на 20 лет. Но через два года родственники передали следствию видеокассету: на ней видно, что в день убийства Расулов находился на празднике у родственников.

Дело направили на доследование, Расулова оправдали. С тех пор никаких подвижек по делу Саипова нет.

"Ни нам, ни международным организациям не предоставляют никакую информацию по делу. Мы не знаем, ведется следствие или нет", – говорят родственники журналиста.

Мать Саипова говорит, что хотя с момента смерти сына прошло уже 10 лет, "он сопровождает ее повсюду".

"Этот компьютер... Он говорил, что это главное его богатство. В Алишере не было никакой меркантильности. Не интересовала его ни новая одежда, ни обувь. Он не копил деньги", – вспоминает мать.

"В 2000 году открылась местная газета Demos times. Мы с Алишером со студенческих лет работали там, он быстро усваивал все новое. В то время, помню, в редакцию поступили новые компьютеры. Он научился работать на них за неделю, – вспоминает Давран Насибханов, друг Саипова. – Он писал статьи в газету и одновременно стал осваивать профессию дизайнера. Он был целеустремленным. Ставил высокие цели, был требовательным к себе и другим".

"В последнее время у него появились какие-то проблемы. Он рассказал, что кто-то за ним следит, – вспоминает Насибханов. - Потом он мне заявил, что, возможно, ему придется уехать за границу. Хотел оставить газету мне, чтобы она выходила. "Может быть, я не будут владеть изданием, но газета должна выходить", – сказал он".

"Я горжусь сыном. После его смерти я хотела сохранить воспоминания о нем и записала в этом дневнике, каким он был в детстве, в школьные годы, какими качествами обладал, – рассказывает мать Алишера. – У него осталась дочь. Прочитав этот дневник, она будет знать, каким прекрасным человеком был ее отец".

На момент убийства дочери Саипова было всего два месяца. Сейчас девочке десять лет.

"Мама и бабушка рассказали мне, что отец был журналистом и что его застрелили плохие люди, – говорит она. – Я думаю, что отец был смелым, прекрасным человеком. Раньше я хотела стать журналистом: писать статьи и выступать по телевизору. Издавать газету. Но мама и бабушка сказали, чтобы я не думала об этом. Я решила стать хирургом. Буду ездить в другие города, лечить людей, делать им операции".

Родные Саипова все еще надеются, что однажды его убийц найдут. Но эта надежда тает с каждым днем.

"После того, как застрелили Алишера, отец в поисках справедливости обошел несколько ведомств. К сожалению, его попытки ни к чему не привели. Он писал официальные письма президентам Кыргызстана и Узбекистана Курманбеку Бакиеву и Исламу Каримову, просил их провести справедливое расследование дела и наказать виновных, – вспоминает Шахрух Саипов, младший брат Алишера. – Но никакого ответа не последовало. Прошло уже 10 лет. За это время отец, можно сказать, надорвался, пытаясь добиться справедливости, и от горя и боли заболел".

"Справедливости нет. Уже десять лет прошло, а убийцу так и не нашли... Государство тоже не помогло. Веры ни во что не осталось", – с горечью признает мать Алишера.