Primăvara de la Praga a avut consecinţe şi asupra evoluţiilor politice din RSS Moldovenească. Aceste consecinţe sunt similare într-o oarecare măsură cu cele ale revoluţiei maghiare din 1956, când datorită unor posturi de radio din Occident, precum Europa Liberă, BBC sau Vocea Americii ceea ce se întâmpla la Budapesta a încurajat anumite segmente sociale, mai ales foştii deportaţi reabilitaţi parţial de curând, să exprime atitudini antisovietice care deranjau regimul de la Moscova.
Impactul evenimentelor din Praga anului 1968 asupra RSSM este însă de o natură puţin diferită totuşi. Or, anume atitudinea României ceauşiste faţă de invazia URSS şi a altor state ale Tratatului de la Varșovia (OTV) în Cehoslovacia în august 1968 determină anumite grupuri de intelectuali moldoveni să nutrească speranţa că Ceauşescu s-a certat iremediabil cu Moscova şi în această conjunctură ar fi posibilă reunificarea RSSM, dacă nu chiar a Basarabiei întregi şi a Bucovinei de Nord, cu România socialistă.
Cel mai important grup care formulează deschis această agendă este Frontul Naţional Patriotic, creat în 1967, dar care îşi va intensifica activităţile anume după 1968. Animatorul principal al acestui grup de patrioţi, cum se întitulau ei înşişi, Alexandru Usatiuc, secundat de Gheorghe Ghimpu, va trimite o scrisoare prin postă lui Ceauşescu în martie 1969 în care va mărturisi ideea Unirii. Îngrijorat că mesajul nu a ajuns la destinaţie, Usatiuc va merge în România în iunie 1970 unde va solicita o întrevede personală cu Ceauşescu. Fiind refuzat, va lăsa o scrisoare însoţită de un memoriu de 6 pagini. Decepţia însă nu va întârzia să vină, întrucât liderul RSR nu numai că nu va da curs acestui mesaj, dar se va grăbi, prin intermediul preşedintelui Securităţii Ion Stănescu, decedat recent, să înştiinţeze în scurt timp Moscova despre acest demers.
Documentul cu pricina se află în arhiva fostului KGB de la Chişinău. În continuare, Usatiuc va fi urmărit o vreme şi arestat în decembrie 1970, după care va urma arestarea lui Gheorghe Ghimpu în ianuarie 1971, precum şi a lui Valeriu Graur, un alt membru al Frontului, care intenţiona să se mute cu traiul în România şi să transmită Europei Libere mesajul patrioţilor basarabeni. Toţi trei, precum şi Alexandru Şoltoianu, vor fi condamnaţi în scurt timp la ani grei de închisoare şi exil în Siberia.
În plan mai larg, neparticiparea României la invazia militară a statelor OTV din 1968 şi creşterea prestigiului lui Ceauşescu printre basarabeni va determina conducerea RSSM, în frunte cu Ivan Ivanovici Bodiul, să iniţieze o nouă campanie de luptă împotriva naţionalismului şi a potenţialilor lideri ai unei mişcări de disidenţă.
Unul dintre victimele acestei campanii a fost profesorul Alexandru Moşanu de la Facultatea de Istorie a Universtităţii din Chişinău, mustrat aspru la o şedinţă a Biroului Politic din septembrie 1970 pe motiv că, într-un articol despre 23 august 1944 publicat în Sovetskaia Moldavia, nu a accentuat îndestul rolul Armatei Roşii în „eliberarea” României şi ar fi exagerat succesele economice ale Bucureştiului. A urmat o adunare la şcoala unde învăţa fiul lui Alexandru Moşanu, acesta fiind stigmatizat drept „trădător”, un ritual de tip stalinist repetat în satul de baştină al istoricului.
Un alt exemplu este cel a lui Nicolae Testimiţeanu, demis din funcţia de ministru al sănătăţii pe motiv de naţionalism. În realitate, Testimiţeanu a fost demis întrucât sprijinea o politică de cadre în domeniul medicinii care să ţină cont de promovarea profesională a românilor moldoveni.
Lecţia istoriei legată de anul 1968 şi impactul său asupra RSSM este că Ceauşescu a dezamăgit nu numai românii din România, statele occidentale, dar şi basarabenii. În ceea ce-i priveşte pe cei din urmă, scepticismul lor faţă de România este perpetuat până astăzi şi graţie acestui episod nefericit.