Ziua de 28 iunie 1940 suscită încă diferite interpretări la 70 de ani de la petrecerea evenimentului. Pentru unii, este vorba de ocupaţie, pentru alţii – de eliberare. Versiunea sovietică a istoriei, perpetuată mai mult sau mai puţin subtil de către istoriografia de la Moscova după 1991, este aceea că URSS a recuperat teritoriul Basarabiei, iar Bucovina de Nord era un teritoriu etnic ucrainean. Acest discurs se situează în continuitatea pretenţiilor şi justificărilor invocate de Stalin şi a anturajului său în ultimatumul adresat României din data de 26 iunie 1940. Menţionarea faptului că Basarabia ar fi fost locuită în majoritate de ucraineni rămâne un aspect jenant al susţinătorilor acestui punct de vedere.
Începând cu 1988-1989, în Republica Moldova s-a impus o altă paradigmă asupra acestui eveniment, anume aceea care consideră 28 iunie 1940 ziua începutului ocupaţiei sovietice a Basarabiei şi Bucovinei de Nord. Majoritatea istoricilor din Republica Moldova, ca şi cei din România şi Occident, susţin teza ocupaţiei teritoriilor din stânga Prutului.
Pentru istoricul secolului al 21-lea însă se impun anumite nuanţări legate de acest eveniment, a consecinţelor imediate şi de lungă durată a acestuia. Mai întâi, este adevărat că pentru anumite segmente sociale, mai ales cele pauperizate, schimbarea regimului a însemnat o speranţă că situaţia lor socială se poate îmbunătăţi. O parte importantă a unor minorităţi etnice, precum evreii, ruşii sau ucrainenii – mai puţin găgăuzii care susţineau anticomunismul unor partide politice româneşti din interbelic, inclusiv legionarii - a nutrit la început expectanţe cu accente mesianice.
Majoritatea populaţiei Basarabiei însă a fost de la bun început profund îngrijorată de venirea oaspeţilor nepoftiţi de la Răsărit, iar alţii erau chiar decişi să reziste prin diferite mijloace, inclusiv cu arma în mână, faţă de noul regim, dacă acesta va atenta la proprietăţile lor şi la modul lor de viaţă tradiţional. În câteva săptămâni de regim sovietic, speranţele şi aşteptările celor iniţial entuziasmaţi de noile autorităţi s-au năruit – de exemplu evreilor proprietari de ateliere meşteşugăreşti, bănci sau prăvălii li s-au confiscat averile – iar neliniştea majorităţii s-a transformat în frică şi teroare permanentă care va cunoaşte apogeul în noapte de 12 spre 13 iunie 1941 când are loc prima deportare în masă în Siberia şi Kazahstan.
Regimul sovietic de ocupaţie nu s-a preocupat să-i „răsplătească” măcar pe cei cca. 400 de membri ai secţiei basarabene a Partidului Comunist din România, care au fost marginalizaţi imediat, cu excepţia notabilă a lui Andrei Lupan şi a lui Emilian Bucov, acesta din urmă doar membru al UTC înainte de 1940. Toţi locuitorii Basarabiei, indiferent de etnie sau merite în mişcarea ilegalistă interbelică, toţi au fost trataţi cu dispreţ şi duşmănie de către autorităţile comuniste sovietice. Abia de la sfârşitul anilor 1950 - începutul anilor 1960, regimul a acceptat să coopteze pe larg cadre din rândul basarabenilor, deja socializate în sistemul sovietic, dar până la urmă când sistemul se prăbuşeşte, posturile cheie precum şeful partidului şi fără excepţie al doilea secretar responsabil de selectarea cadrelor, al KGB-ului local, al MAI, au fost aproape întotdeauna aduşi din afară, de regulă ruşi sau ucraineni.
A existat cooptarea cadrelor locale, dar deciziile cheie s-au luat întotdeauna la Moscova, ceea ce justifică concluzia potrivit căreia până 1989-1991 Moldova de la Est de Prut a fost un teritoriu aflat sub ocupaţie sovietică. La această concluzie – că după 28 iunie 1940 se instaurează un regim de ocupaţie – ajunge şi rusoaica basarabeancă Eufrosinia Kersnovski, a cărei memorii au fost publicate la Moscova încă în 1990 şi reeditate de câteva ori de atunci.
