Teroarea comunistă împotriva populaţiei Basarabiei şi Bucovinei de Nord a început imediat după ocuparea acestor teritorii româneşti în 28 iunie 1940. Apogeul terorii a fost noaptea de 12 spre 13 iunie 1941. În listele deportaţilor au fost incluşi foşti legionari, dar şi foşti activişti ai partidelor democratice româneşti, precum Partidului Naţional Ţărănesc şi Partidului Naţional Liberal. Alte persoane vizate proveneau din rândurile marilor latifundiari, comercianţilor, jandarmilor, albgardiştilor ruşi etc. Deportarea din iunie 1941 a vizat cca. 32 mii de persoane din Basarabia, Bucovina de Nord şi ţinutul Herţei. Dintre acestea, cca. 6 mii urmau să fie arestate, iar cca. 26 mii – deportate. Spre deosebire de deportarea din 1949, ţăranii înstăriţi nu alcătuiau majoritatea contingentului acum, în 1941.
Cum s-a înfăptuit operaţiunea de deportare? Listele au fost pregătite cu câteva săptămâni înainte. Familia care urma a fi deportată era trezită noaptea, câteva persoane în uniformă militară şi alţii în civil pătrundeau în casă, verificau paşapoartele şi dacă numele era găsit în lista făcută de consiliul sătesc în ajun şi aprobată la centru, urma un anunţ scurt: „în numele conducerii supreme, sunteţi deportaţi în locurile îndepărtate din nord, în Siberia”. Se acorda 40 de minute pentru facerea bagajelor, care nu trebuiau să depăşească 40 kg de fiecare familie. Urma îmbarcarea în maşini şi transportarea până la cea mai apropiată staţie feroviară, de unde se făcea repartizarea conform locului de destinaţie stabilit din timp de NKVD.
Pentru deportarea din noaptea de 12 spre 13 iunie au fost alocate 1315 vagoane, situate în diferite gări de pe tot cuprinsul Basarabiei şi Bucovinei de Nord. După statistica oficială, în medie la fiecare 20 de persoane revenea un vagon. Oficial, norma zilnică era de 600 g de pâine pentru fiecare persoană. În realitate, conform mărturiilor supravieţuitorilor, 70-100 de persoane trebuiau să împartă un vagon de marfă timp de 2-3 săptămâni cât dura drumul până la destinaţia finală, în condiţii absolut insuportabile. Norma zilnică de apă era de 200 ml, dar unor deportaţilor li se dădea în loc de mâncare doar peşte sărat. Alţii primeau 300 g pâine dimineaţa şi apă fiartă şi nimic mai mult la amiază sau seara.
Un alt aspect al acestor acţiuni inumane consta în faptul că familiile erau dezmembrate după bunul plac al NKVD-ului. Astfel, capii de familii au fost trimişi în lagăre de concentare, iar membrii familiilor lor – în localităţi speciale pentru „strămutaţi” în regiunile Karaganda (Kazahstan), Omsk şi Novosibirsk (Siberia Centrală). Unii n-au mai ajuns la destinaţie, iar alţii au supravieţuit prin minune în condiţii de viaţă mizerabile şi climă aspră. Cele mai detaliate şi înspăimântătoare mărturii despre această deportare aparţin Eufrosiniei Kersnovschi din Soroca, memorii care au fost publicate încă în 1990 și au fost incluse în patrimoniul universal de către UNESCO.
