پس از آن که طالبان دختران را تا اطلاع بعدی از ادامه تحصیل در پوهنتون‌ها محروم کردند، نگرانی‌ها در مورد بسته شدن ده‌ها پوهنتون خصوصی افزایش یافته اند.
محمد بشیر بهرنگی، استاد یکی از پوهنتون‌های خصوصی به رادیو آزادی گفت که اگر به زودی دختران افغان اجازه بازگشت به پوهنتون‌ها را نداشته باشند، پیش‌بینی می‌کند که دروازه‌های اکثر پوهنتون‌های خصوصی برای همیشه بسته خواهد شد:
"شاید تعداد محدودی از پوهنتون‌ها که اگر موسسین‌شان افراد تاجر باشند و بتوانند از بودجۀ شخصی خود از آن حمایت کنند، فعالیت بتوانند، اما سایر پوهنتون‌ها که بر اساس درآمد روزانه، یعنی پولی که از محصلان گرفته و مصرف می‌کردند، ممکن است بزودی از پا افتاده و در نهایت تا دو سه ماه دیگر دوام بیاورند."
به گفتۀ آقای بهرنگی، در دوران جمهوری مخلوع نیز اکثر پوهنتون‌های خصوصی مشکلات اقتصادی داشتند، اما به دلیل محدودیت‌های تازه به زودی فعالیت، نخواهند توانست.
یکی از اعضای انجمن پوهنتون‌های خصوصی که به دلیل مسائل امنیتی از افشای نامش خودداری کرده به رادیو آزادی گفت که احتمال تعطیل فوری حدود ۳۵ پوهنتون خصوصی وجود دارد.
ندا محمد ندیم سرپرست وزارت تحصیلات عالی حکومت طالبان سه‌شنبه گذشته (۲۹ قوس) اعلام کرد که تا اطلاع ثانی، دختران به پوهنتون‌های دولتی و خصوصی نخواهند رفت.
این اعلامیه طالبان با واکنش‌های گسترده در داخل و خارج از افغانستان مواجه شد.
بر ضد این تصمیم طالبان در کابل، جلال آباد، قندهار، هرات و شماری دیگر از شهرهای افغانستان تظاهرات صورت گرفت.
در سطح بین‌المللی نیز ایالات متحده آمریکا، سازمان ملل متحد، اتحادیۀ اروپا، سازمان همکاری اسلامی، قطر، عربستان سعودی، ترکیه، مالیزیا، اندونیزیا و شماری دیگر از کشورهای اسلامی از طالبان خواسته اند که این تصمیم را فوراً لغو کنند.
پس از این اعتراضات گسترده، ندا محمد ندیم سرپرست وزارت تحصیلات عالی طالبان در گفتگوی با تلویزیون ملی در کنترل حکومت طالبان گفت که پوهنتون‌ها به دلیل عدم رعایت حجاب، صنف‌های مختلط، اقامت دختران در لیلیه‌ها بدون محرم و منکرات، تا اطلاع بعدی تعطیل شده است.
اما دختران افغان می‌گویند که آنها با مراعات کامل حجاب و اصول اسلامی به صنوف درسی می‌رفتند.
شماری از تحلیلگران سیاسی معتقدند که برخی‌ها در داخل گروه طالبان هم با این تصمیم مخالف هستند.
سمیع یوسف‌زی، آگاه امور سیاسی به رادیو آزادی گفت که بسیاری از رهبران طالبان که در کابل نشسته اند، با تصمیم رهبر‌شان ملا هبت الله در مورد ممنوعیت آموزش دختران مخالف هستند، اما بیشتر آنها می‌خواهند چوکی‌هایشان را حفظ کرده و به خاطر اجتناب از افشای مشکلات داخلی در بین طالبان، خاموشی اختیار کرده اند.
